第二條 經財政部和國家稅務總局批準，按照《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》計算繳納增值稅的航空運輸企業，適用本辦法。
第三條 航空運輸企業的總機構（以下稱總機構），應當匯總計算總機構及其分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的增值稅應納稅額，抵減分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務已繳納的增值稅和營業稅稅款后，向其機構所在地主管稅務機關申報納稅。
第四條 總機構匯總的應征增值稅銷售額由以下兩部分組成：
（一）總機構及其試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的應征增值稅銷售額。
（二）非試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的銷售額。計算公式為：
銷售額=應稅服務的營業額÷（1+增值稅適用稅率）
應稅服務的營業額，是指非試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的營業額。增值稅適用稅率，是指《試點實施辦法》規定的增值稅適用稅率。
總機構應按照增值稅現行規定核算匯總的應征增值稅銷售額。
第五條 總機構匯總的銷項稅額，按照本辦法第四條規定的應征增值稅銷售額和《試點實施辦法》規定的增值稅適用稅率計算。
第六條 總機構匯總的進項稅額，是指總機構及其分支機構因發生《應稅服務范圍注釋》所列業務而購進貨物或者接受加工修理修配勞務和應稅服務，支付或者負擔的增值稅稅額。總機構和分支機構用于發生《應稅服務范圍注釋》所列業務之外的進項稅額不得匯總。
非試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務而購進貨物或者接受加工修理修配勞務和應稅服務，應當索取增值稅扣稅憑證。
第七條 試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務，按照應征增值稅銷售額和預征率計算繳納增值稅，按月向主管稅務機關申報納稅，不得抵扣進項稅額。計算公式為：
應繳納的增值稅＝應征增值稅銷售額×預征率
試點地區分支機構銷售貨物和提供加工修理修配勞務，按照增值稅暫行條例及相關規定申報繳納增值稅。
第八條 非試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務，按照現行規定申報繳納營業稅。
第九條 試點地區分支機構，應按月將當月《應稅服務范圍注釋》所列業務的應征增值稅銷售額、進項稅額和已繳納的增值稅稅額歸集匯總，填寫《航空運輸企業試點地區分支機構傳遞單》（附件1），報送主管國稅機關簽章確認后，于次月10日前傳遞給總機構。
非試點地區分支機構，應按月將當月《應稅服務范圍注釋》所列業務的營業稅應稅營業額、已繳納的營業稅稅額以及取得的進項稅額歸集匯總，填寫《航空運輸企業非試點地區分支機構傳遞單》（附件2），報送主管國稅機關和地稅機關簽章確認后，于次月10日前傳遞給總機構。
第十條 總機構的增值稅納稅期限為一個季度。
第十一條 總機構應當依據《航空運輸企業試點地區分支機構傳遞單》和《航空運輸企業非試點地區分支機構傳遞單》，計算當期發生《應稅服務范圍注釋》所列業務的增值稅應納稅額，抵減分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務當期已繳納的增值稅和營業稅稅款后，向其主管稅務機關申報納稅。抵減不完的，可以結轉下期繼續抵減。計算公式為：
總機構當期應納稅額＝當期匯總銷項稅額－當期匯總進項稅額
總機構當期應補（退）稅額＝總機構當期應納稅額－當期試點地區分支機構已繳納的增值稅稅額-當期非試點地區分支機構已繳納的營業稅稅額
第十二條 總機構及其分支機構，一律由機構所在地主管國稅機關認定為增值稅一般納稅人。
第十三條 總機構應當在開具增值稅專用發票的次月申報期結束前向主管稅務機關報稅。
總機構及其分支機構取得的增值稅扣稅憑證，應當按照有關規定到主管國稅機關辦理認證或者申請稽核比對。
總機構匯總的進項稅額，應當在季度終了后的第一個申報期內申報抵扣。
第十四條 分支機構所在地主管稅務機關應定期對其納稅情況進行檢查。
試點地區分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務申報不實的，就地按適用稅率全額補征增值稅；非試點分支機構發生《應稅服務范圍注釋》所列業務申報不實的，按照現行規定補征營業稅。主管稅務機關應將檢查情況及結果發函通知總機構所在地主管國稅機關。
