稅法上的虧損是指企業依照企業所得稅法和所得稅法實施條例的規定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數額。這里的虧損是納稅調整后的虧損額，而以后用來彌補虧損的利潤也是納稅調整后的應納稅所得額。
會計上的虧損才是真正的虧損，這里的虧損是指里利潤總額減去所得稅后的凈虧損，用來彌補虧損的利潤是利潤總額減去所得稅之后的凈利潤，因此，在會計上，利潤或虧損是指納稅調整前的利潤減去所得稅后的凈額。
一、虧損彌補的稅務處理：
（一）稅收法規對虧損的有關定義：
1、《中華人民共和國企業所得稅法》第五條企業每一納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損后的余額，為應納稅所得額；第十八條 企業納稅年度發生的虧損，準予向以后年度結轉，用以后年度的所得彌補，但結轉年限最長不得超過五年。
2、《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第十條 企業所得稅法第五條所稱虧損，是指企業依照企業所得稅法和本條例的規定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數額。企業在納稅年度內無論盈利或者虧損，都應當依照企業所得稅法第五十四條規定的期限，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表、年度企業所得稅納稅申報表、財務會計報告和稅務機關規定應當報送的其他有關資料。
（二）查增應納稅所得額能否彌補以前年度虧損
1、新法實施之后，所得稅的有關規定是很明確的，即查增的應納稅所得額是可以用來彌補以前年度虧損的。
（1）根據國家稅務總局公告2010年第20號《關于查增應納稅所得額彌補以前年度虧損處理問題的公告》的有關規定：一、根據《中華人民共和國企業所得稅法》（以下簡稱企業所得稅法）第五條的規定，稅務機關對企業以前年度納稅情況進行檢查時調增的應納稅所得額，凡企業以前年度發生虧損、且該虧損屬于企業所得稅法規定允許彌補的，應允許調增的應納稅所得額彌補該虧損。彌補該虧損后仍有余額的，按照企業所得稅法規定計算繳納企業所得稅。對檢查調增的應納稅所得額應根據其情節，依照《中華人民共和國稅收征收管理法》有關規定進行處理或處罰；二、本規定自2010年12月1日開始執行。以前（含2008年度之前）沒有處理的事項，按本規定執行。
稽查查補的應納稅所得額彌補了以前年度的虧損，納稅人必須在年度匯算清繳時將稽查查補的已彌補以前年度的虧損額填報入年度納稅申報表附表四《稅前彌補虧損明細表》中，輸入“三期”系統。主管稅務機關應及時同稽查部門溝通稽查信息，責令納稅人及時、如實填報附表四，確保不重復彌補虧損。
2、新法實施之前，對此的規定不是十分的明確，在中央和地方，在執行時間上是有矛盾的，如：
（2）根據國稅發[2006]56號《國家稅務總局關于修訂企業所得稅納稅申報表的通知》（已失效）第四條第五款的規定：查補的應納稅所得額，應并入所屬年度的應納稅所得中，按稅法規定計算應補稅額，但不得彌補以前年度虧損，不得作為計算公益、救濟性捐贈稅前扣除的基數。
（3）遼地稅函[2006]270號《遼寧省地方稅務局關于查增所得彌補虧損問題的批復》規定：“根據《關于企業所得稅若干稅收政策問題的通知》（遼地稅函）[2004]27號）第二條“對企業查增的應納稅所得額允許彌補以前年度虧損”的規定和《國家稅務總局關于修定企業所得稅納稅申報表的通知》（國稅發[2006]56號）第四條第五款“企業查補的應納稅所得額，應并入所屬年度的應納稅所得中，按稅法規定計算應補稅額，但不得彌補以前年度虧損，不得作為計算公益、救濟性捐贈稅前扣除的基數”的規定，對企業查增的屬于2005年度12月31日前的應納稅所得額可按稅法規定彌補以前年度虧損;對企業查增的屬于2006年1月1日以后的應納稅所得額，不得彌補以前年度虧損，也不得作為計算公益、救濟性捐贈稅前扣除的基數。”
3、查補稅款的處理
根據遼地稅函[2004]27號《遼寧省地方稅務局關于企業所得稅若干稅收政策問題的通知》中的有關規定：
“ 二、關于彌補虧損企業查增應納稅所得額如何補稅和處罰問題
（一）對盈利企業查增的應納稅所得額，按法定彌補年限彌補以前年度虧損后仍有虧損的，不計征企業所得稅，按《中華人民共和國稅收征收管理法》（以下簡稱《稅收征管法》）第六十四條規定處罰；對盈利企業查增的應納稅所得額，按法定彌補年限彌補以前年度虧損后有盈余，應就調整后的應納稅所得額按適用稅率補繳企業所得稅，并按《稅收征管法》第六十三條規定處罰。
（二）對虧損企業查增的應納稅所得額，按規定彌補虧損后仍為虧損的，不計征企業所得稅，應按《稅收征管法》第六十四條規定處罰；對虧損企業查增的應納稅所得額，按規定彌補虧損后有盈余，應就調整后的應納稅所得額按適用稅率補繳企業所得稅，并按《稅收征管法》第六十三條規定處罰。
（三）對查出企業虛計虧損并擅自用以后年度的應納稅所得額自行進行了彌補的，應對虛計虧損已彌補部分按適用稅率計算補繳企業所得稅，并按《稅收征管法》第六十三條規定處罰,滯納金應按自行彌補虧損年度計算加收；對由于稅務機關審核有誤出現的虛報虧損，并且納稅人已按規定用以后年度的應納稅所得額進行了彌補，根據《稅收征管法》第五十二條規定，稅務機關在三年內可以要求納稅人對虛報虧損已彌補部分按適用稅率計算補繳企業所得稅，但不得加收滯納金。
三、關于減免稅企業查增應納稅所得額如何補稅和處罰問題
（一）減稅企業查增應納稅所得額，按減征比例扣除減征稅款后，余下部分補繳企業所得稅，并按《稅收征管法》第六十三條規定處罰。
（二）免稅企業查增應納稅所得額不計征企業所得稅，按管理權限由主管稅務機關要求免稅企業限期辦理免稅手續，并按《稅收征管法》第六十四條規定處罰。”
